ตามประวัติกล่าวว่า พระแก้วมรกตพระองค์นี้ เทวดาสร้างถวายพระอรหันต์องค์หนึ่ง มีนามว่า พระนาคเสนเถระ แห่งเมืองปาตลีบุตร ในอินเดีย พระนาคเสน ได้อธิษฐานอาราธนาพระบรมสารีริกธาตุ ของสมเด็จพระสัมมนาสัมพุทธเจ้า ให้ประดิษฐานอยู่ในองค์พระแก้วมรกต ๗ พระองค์ คือ ในพระโมฬี พระนลาฏ พระอุระ พระอังสาทั้ง ๒ ข้าง พระชานุทั้ง ๒ ข้าง ต่อมาพระแก้วมรกตได้ตกไปอยู่ที่เมืองลังกา เมืองกัมโพชา เมืองศรีอยุธยา เมืองละโว้ เมืองกำแพงเพชร และเมืองเชียงราย ตามลำดับ เจ้าเมืองเชียงรายได้เอาปูนทาแล้วลงรักปิดทอง นำไปบรรจุไว้ในพระเจดีย์ที่เมืองเชียงราย เพื่อซ่อนเร้นจากศัตรู 
          เมื่อ พ.ศ. ๑๙๗๙ เกิดฟ้าผ่าที่องค์เจดีย์ ชาวเมืองได้เห็นพระพุทธรูปปิดทองปรากฎอยู่ คิดว่าเป็นพระพุทธรูปศิลาทั่วไป จึงได้อัญเชิญไปไว้ในวิหารในวัดแห่งหนึ่ง ต่อมาปูนที่ลงรักปิดทอง
ได้กะเทาะออกที่ปลายพระนาสิก เห็นเป็นเนื้อแก้วสีเขียว จึงได้แกะปูนออกทั้งองค์ จึงพบว่าเป็นพระพุทธรูปแก้วทึบทั้งองค์ ผู้คนจึงพากันไปนมัสการ พระเจ้าสามฝั่งแกน เจ้าเมืองเชียงใหม่ จึงจัดกระบวนไปอัญเชิญพระแก้วมรกตมาเชียงใหม่ แต่ช้างที่ใช้อัญเชิญได้หันเหไปทางลำปางถึงสามครั้ง จึงต้องยอมให้อัญเชิญไปประดิษฐานที่ นครลำปางถึง ๓๒ ปี ที่วัดพระแก้ว ยังปรากฎอยู่ถึงปัจจุบันนี้
เมื่อ พ.ศ. ๒๐๑๑ พระเจ้าติโลกราชครองเมืองเชียงใหม่ ได้อัญเชิญพระแก้วมรกต
มาประดิษฐานที่เมืองเชียงใหม่ เป็นเวลา ๘๔ ปี ต่อมาเมื่อ พ.ศ. ๒๐๙๔ พระเจ้าไชยเชษฐา โอรสพระเจ้าโพธิสาร ซึ่งเป็นพระเจ้ากรุงศรีสัตนาคนหุต (เวียงจันทน์) ได้ครองเมืองเชียงใหม่ต่อจากพระอัยกา ครั้นเมื่อพระเจ้าโพธิสารทิวงคต ทางกรุงศรีสัตนาคนหุต จึงเชิญพระเจ้าไชยเชษฐา กลับไปเมืองหลวงพระบาง จึงได้อัญเชิญพระแก้วมรกตไปด้วย เมื่อ พ.ศ. ๒๐๙๕ และได้ประดิษฐานอยู่ที่เมืองหลวงพระบาง
          ๑๒ ปี ต่อมาเมื่อ พ.ศ. ๒๑๐๗ ได้ย้ายราชธานีไปอยู่ที่เมืองเวียงจันทน์ และได้อัญเชิญพระแก้วมรกตไปด้วย พระแก้วมรกต ได้ประดิษฐานอยู่ที่เมืองเวียงจันทน์อีก ๒๑๔ ปี 
เมื่อ พ.ศ. ๒๓๒๑ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ขณะที่ทรงดำรงพระยศเป็นสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกได้ยกกองทัพ ไปตีได้เมืองเวียงจันทน์ และได้อัญเชิญพระแก้วมรกตพร้อมกับพระบาง มายังกรุงธนบุรี ได้ประดิษฐานไว้ ณ โรงพระแก้วในบริเวณพระราชวังเดิม ต่อมาเมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ฯ ได้ครองราชย์ที่กรุงรัตนโกสินทร์
เมื่อ พ.ศ. ๒๓๒๕ ได้ทรงโปรดให้ประดิษฐานพระแก้วมรกต ในพระอุโบสถวัดพระศรีรัตนศาสดาราม เมื่อ พ.ศ. ๒๓๒๗